El Ayuntamiento de Marchamalo funciona como entidad municipal desde el 1 de enero de 1999, año en el que recuperaría dicha condición al entrar en vigor el acuerdo de desanexión firmado con el Ayuntamiento de Guadalajara, por el cual la localidad de Marchamalo dejaba de ser una Entidad de Ámbito Territorial Inferior al Municipio (EATIM) dependiente de la capital de esta provincia para ser un municipio con plena autonomía administrativa.

Desde entonces Marchamalo cuenta con una organización administrativa igual a la de cualquier municipio en nuestro país, siendo la Alcaldía el órgano de dirección gubernamental del municipio, refrendada por el Pleno del Ayuntamiento y la Junta de Gobierno Local.

El Pleno lo componen actualmente 13 concejales, los cuales son elegidos democráticamente cada cuatro años en base a las candidaturas propuestas por los diferentes partidos políticos del municipio. Estos concejales electos son los encargados de elegir de entre ellos al que será al Alcalde o Alcaldesa de Marchamalo en la sesión plenaria de constitución de los órganos de gobierno del Ayuntamiento.

En aplicación de la Ley de Transparencia, Acceso a la Información Pública y Buen Gobierno, el Ayuntamiento de Marchamalo ha habilitado dentro de su Sede Electrónica un Portal de Trasparencia donde se da cuenta de toda la información administrativa y económica relativa al consistorio.

Esta ley tiene por objeto ampliar y reforzar la transparencia de la actividad pública, regular y garantizar el derecho de acceso a la información relativa a aquella actividad y establecer las obligaciones de buen gobierno que deben cumplir los responsables públicos.

En cumplimiento de la misma, en este espacio puede conocer todos los detalles sobre el funcionamiento del Ayuntamiento, sus competencias, sus gastos e ingresos, a qué se destina el dinero público, que indemnizaciones y sueldos perciben los representantes políticos y cuál es su patrimonio antes y después de ejercer su cargo.

> Portal de Transparencia

La sede central del gobierno marchamalero es la Casa Consistorial, situada en la Plaza Mayor, en el mismo lugar del primer edificio que se dispuso en el municipio como sede de gobierno local. No obstante el edificio actual es de reciente construcción, inaugurado el año 2001 siendo alcalde Juan Armando Monge Calvo, en presencia del entonces Presidente de la región, José Bono, al ser la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha la entidad cofinanciadora del proyecto.