En 1085 se produce la conquista del Reino de Toledo por Alfonso VI, a raíz de la división producida por los Reinos de Taifas y la división del califato cordobés, que debilitan Al-Andalus. Acosado por los enfrentamientos internos, el Reino de Toledo y con él la ciudad de Guadalajara y su alfoz, con Marchamalo y las demás aldeas y alquerías, como Bel-Jafel, pasarán a dominio cristiano con Alfonso VI.

Es el momento de mayor apogeo del Reino de Toledo, cuando sus fronteras llegan hasta Córdoba y Valencia. El rey cristiano se hace con unos territorios en los que convive una pluralidad religiosa y cultural representada por mozárabes, mudéjares, musulmanes y judíos que se debilitará un año más tarde con la derrota de Alfonso VI en Sagrajas (1086) a manos de los fanáticos almorávides, que fijarán la frontera en la línea del río Tajo («…vinieron los sarracenos y nos molieron a palos, porque Dios ayuda a los malos cuando son más que los buenos…»). 

El Común de Villa y Tierra de Guadalajara – El fuero de Alfonso VII

En el año 1133, Alfonso VII otorgará a Guadalajara y sus aldeas el primer fuero o carta-puebla conocido. Dicho fuero estaba encaminado a conseguir la repoblación de este territorio, sin duda despoblado, y a reforzar como corresponde zonas fronterizas e intereses comunes, fortaleciendo la defensa de la monarquía frente a las apetencias de la incipiente nobleza y la Iglesia, ávidas de territorios donde imponer su poder feudal. 

El régimen de realengo, sólo sometido a la jurisdicción real, hará que el Común y sus aldeas sea el más firme baluarte en la defensa de la monarquía cristiana y sus intereses comunales en clara simbiosis de objetivos frente el avance de la propiedad privada, representada por el régimen señorial y el de abadengo, que corresponderá al clero en sus diversas organizaciones eclesiásticas. 

Alfonso VIII será el monarca que venga a dar un impulso mayor a la Reconquista con la victoria de las Navas de Tolosa (año 1212), fijando la frontera más allá del Tajo, con lo que la seguridad de estos territorios será un acicate mayor para su repoblación. 

Mientras tanto, la aldea de Marchamalo, será directamente dependiente de los reyes al ser territorio de realengo o concejo de hombres libres, al que se le habían otorgado cartas-pueblas y fueros, siendo aldea dependiente de la Ciudad de Guadalajara. A Marchamalo se le concede una gran extensión de terreno, confirmado por sucesivos reyes. En la superficie de este término quedarán incluidos los montes comunales y la dehesa boyal, junto con las propiedades familiares otorgadas en dicha repoblación a los nuevos colonos y campesinos.

El concejo público se reunirá a campaña tañida para tomar acuerdos y decisiones que afecten a los vecinos del lugar, así como para la elección de oficios, alcaldes y regidores bajo jurisdicción de Guadalajara (muchas de estas decisiones tendrán un carácter ‘democrático’, en clara diferencia a los territorios bajo jurisdicción de nobles y eclesiásticos).

Fernando III ‘El Santo’ acrecentó con nuevos privilegios y libertados los que ya tenía el Común, como sería el Fuero de 1219 y 1251, por el que se restituían a Guadalajara las aldeas que habían sido enajenadas, no permitiendo injerencia alguna del clero y la nobleza en asuntos de Cortes, en los que Guadalajara tenía una importante representación, celebrándose en el Alcázar de la Ciudad. 

Alfonso X ‘El Sabio’ también concedió grandes privilegios al Común, y establece una feria que durará 11 días en el año 1291, concede a su hija Berenguela el señorío de Guadalajara, residiendo allí con su hermano Pedro. Será la fundadora del Convento de Santa Clara. Algunos años más tarde, la Infanta Isabel, hija de Sancho IV, dará el impulso definitivo a este convento tan ligado a Marchamalo a través del aya de la Reina, Doña María Coronel (en este momento aparecen las primeras noticias escritas sobre Marchamalo).