En este siglo se produce la caída del Antiguo Régimen, desapareciendo los estamentos (clero, nobleza y monarquía absolutista) y aparecen las clases sociales. Durante este siglo se consolida y prevalece la burguesía, propiciando cambios sociales y económicos, estando frente a ella un incipiente proletariado que da origen a los movimientos obreros y, con ellos, la conflictividad de los primeros años del siglo XX. Hubo un cierto despegue económico en la época de Isabel II, pero se logró a costa de agravar las condiciones de vida de las clases más débiles.
Las Guerras Carlistas, que tuvieron incidencia en Marchamalo debido a que el Camino Real de Navarra atravesaba su término y la población, estando los vecinos obligados a alojar a los soldados. En el conservadurismo de los carlistas de entonces se encontraban también las capas bajas de la sociedad, los liberales eran los revolucionarios y la burguesía de la época isabelina, que tenía un absoluto desprecio hacia el proletariado, dando lugar a que las masas se organicen. Nace el Banco de España y la banca privada.
Durante el siglo XIX muchos marchamaleros embarcaron a «hacer las Américas», tanto hacia América del Sur como a Cuba, Puerto Rico y Filipinas. Otros fueron alistados en el ejército con destino a Cuba. Como ejemplo de ellos conocemos la aventura del gallardo Gabino Camarillo, que sirvió en el el Regimiento de María Cristina en la provincia de Matanzas de Cuba, volviendo sano y salvo a Marchamalo después de cinco años de peripecias y combates.
En el año 1840 Guadalajara pasa a ser una ciudad militar, se instala la Academia Militar en lo que fue la Real Fábrica de Paños y la Maestranza de Ingenieros en el antiguo Convento de San Francisco (El Fuerte), lo que propiciará que Marchamalo pierda relevancia como lugar de abastecimiento de Guadalajara. El ferrocarril llega a Guadalajara en 1859. A finales del siglo XIX se estable en Guadalajara y en el Cuartel de San Carlos (Alcázar) y el Regimiento de la Aerostación, conocido como el «Cuartel de Globos» donde varios marchamaleros hicieron el servicio militar. En una curiosa fotografía realizada en el año 1903 desde un globo se contemplaba una vista aérea de Marchamalo y su término que ciertamente puede ser la primera fotografía que se hizo de neustro pueblo.
En la primera década del siglo XIX, en el mes de marzo de 1807, la situación local de epidemias sufridas en Marchamalo, hacían más urgente y precisa que en otros la construcción del cementerio para enterrar los cadáveres de los fieles. Convencidos de esta necesidad, y con los decretos establecidos por Carlos III y Carlos IV, el Ministro del Consejo y Comisionado por su Majestad para promover tales establecimientos, se llevó a efecto la obra proyectada con la aprobación correspondiente, y «se bendijo por el cura párroco Don Pedro Miguel Gutiérrez, con asistencia de la justicia, ayuntamiento y clero, y con concurrencia de casi todo el pueblo, que manifestó el mayor júbilo al ver verificada tan benéfica providencia que cede al mismo tiempo en decoro de los templos y de la salud pública».
Durante los años 1834, 1842 y 1855 Marchamalo se ve terriblemente afectado por la epidemia del cólera (morbo asiático) que asolará la Península Ibérica, enfermedad hasta entonces muy poco significativa. Debido a que Marchamalo estaba dentro del itinerario del Camino Real de Navarra, con el consiguiente trasiego de viajeros procedentes de otros lugares en 1834 unos segadores de Aranjuez fueron detectados con la enfermedad, falleciendo uno de ellos. En 1842, un nuevo rebrote de cólera acabará con la vida de 72 marchamaleros y otro nuevo rebrote en 1855 de mayor intensidad que los anteriores producirá 81 víctimas, siendo una de las poblaciones más afectadas de la provincia de Guadalajara. En toda la capital fallecerían 118 personas. En el cementerio de Marchamalo y al pie de la Picota se encuentra una lápida dedicada a Doroteo Bayo, sacerdote que falleció víctima del cólera, tal como está esculpido en la lápida.
Esta circunstancia también se aprecia en notas de la prensa de la época: “La epidemia del cólera que asola España desde 1853 será la causante de la muerte de miles de personas de la provincia de Guadalajara (4%). Para evitar la falta de pan, el Ayuntamiento de Guadalajara apremia a los panaderos de Marchamalo y de otras localidades para que acudan a vender pan sin demora a la ciudad. En Hiendelaencina se produce un levantamiento de los trabajadores lo que crea un estallido social en la provincia».
