En este siglo Marchamalo continuaba siendo aldea de la «muy noble y leal Ciudad de Guadalajara», título que le concedió en el año 1460 el rey Enrique IV. La aldea de Marchamalo estaba sometida a la jurisdicción de la ciudad, debiendo sus vecinos acudir a ella para resolver pleitos y documentos. Así permaneció hasta el año 1627, que se eximió de Guadalajara convirtiéndose en Villa, dentro del régimen de realengo, es decir, solamente sometida a la voluntad Real.
Durante el reinado de Felipe IV se promulgó una Provisión Real, «la corona necesita obtener dinero para acudir a cosas precisas de su real servicio y necesidades que se le han ofrecido para la defensa y sustentación de su reino». Para ello se dispuso a poner en venta hasta 17.500 vasallos de las villas y lugares de realengo, por lo tanto, pertenecientes al Rey. La Ciudad de Guadalajara se opuso a la venta de sus aldeas, y especialmente la de Marchamalo, con la que mantenía una relación especial, en gran medida por los numerosos bienes, fincas y censos hipotecarios que poseían los nobles y conventos radicados en la ciudad.
La voluntad de la corona era firme, y mediante Real Cédula, dispuso que dichos lugares se vendiesen «sin embargo, de provilegios y condiciones de villones, exenciones e mercedes, que las Ciudades, Villas y lugares tengan e se vendan los vasallos del Rey no acordó su Magestad vendiese» (Reunión del Concejo de Guadalajara el 29 de abril de 1626). A los vecinos de Marchamalo no les quedó más remedio que ser dueños de su propio destino y decidieron comprarse a sí mismos para no caer en manos de señoríos o particulares.
El esfuerzo y sacrificio para conseguir que Marchamalo fuese Villa de por sí, con jurisdicción propia, estuvo redeado de una gran polémica sobre la mojonera y deslinde de términos respecto a Guadalajara. Los censos o hipotecas tomados por la nueva villa vendrían a suponer un capital difícil de amortizar por las condiciones leoninas que se habían impuesto, fijando la posibilidad de elegir entre la superficie del término con un precio por legua de 5.600 ducados o por el número de vecinos a razón de 15.000 maravedíes por cada uno. La Corona eligió el precio correspondiente a los vecinos, por ser su importe mayor que el fijado por el término.
La venta de la aldea de Marchamalo y su título de Villa
Según los documentos de la época, la conversión de Marchamalo en Villa finalmente acabó siendo una transacción comercial entre los vecinos, que compraron su intependencia jurídica, y la Corona: «En la Villa de Madrid a dos días del mes de septiembre de 1626 ante mi el escribano y testigos yuso escritos, parecieron presentes Octavio Centurión, Carlos Estrata, Vicencio Scuarzáfigo de una parte… de la otra, el licenciado Miguel Calvo, clérigo presbítero, en nombre del lugar de Marchamalo».
«Su Majestad como Rey y señor natural de estos reynos, en la mejor forma y manera que puede, haya de hacer y haga merced al dicho lugar de Marchamalo a título de venta por causa honerosa de eximirle y apartarle de la dicha Ciudad de Guadalajara y de su jurisdicción haciéndole Villa de por sí y sobre sí, y que tenga jurisdicción civil y criminal, alta, baja, mero mixto imperio, nombrándose e titulándose Villa de por sí y sobre sí, a fin de que aquí en adelante, para siempre jamás, la dicha Ciudad de Guadajara y la justicia de ella ni de otras partes puedan conocer ni conzcan de cosa alguna tocante a la dicha jurisdicción, con el sñorío y vasallaje, penas de cámara y de sangra, calumnias, mostrencos y escribanías, y con todas las demás rentas jurisdiccionales del señorío y vasallaje, y jurisdicción del dicho lugar de Marchamalo anexas y pertenecientes en cualquier manera desde la hoja del monte hasta la piedra del río y viceversa, según y competer pueden en el dicho lugar de Marchamalo y su término…»
«Y por Real Cédula del 15 de enero de 1626 para la venta de los dichos vasallos y por el precio en que su Majestad ha permitido se vendan, que es por vasallos a 15.000 maravedís por cada vecino por serlo de dicho lugar de Marchamalo, de los del Tajo acá, o por término, a razón de 5.600 ducados a 375 maravedíes cada ducado por legua. Lo uno o lo otro a elección de su Majestad».
«El dicho lugar tendrá 200 vecinos y tres cuartos de legua de término, según dice el dicho licenciado Miguel Calvo».