El 18 de julio de 1936 se produce el golpe de Estado encabezado por el General Franco, que tendrá su repercusión en Guadalajara, ciudad que será controlada por las tropas sublevadas y civiles afines al levantamiento dirigidas por el Comandante Ortiz de Zárate. Cuatro días más tarde, el 22 de julio, una columna de militares fieles a la República, al mando del Coronel Puigdengolas, junto a milicianos de Madrid y Alcalá de Henares, así como miembros de la Guardia Civil de la zona, toman la ciudad que estará durante la contienda bajo el control del Gobierno legítimo de la República.
En los combates que tuvieron lugar junto al río y el Hospital Provincial intervinieron algunos vecinos de Marchamalo luchando junto a los rebeldes, siendo al término de dichos combates fusilado el cabecilla de la sublevación, el citado Ortiz de Zárate, junto al puente del Río Henares. Mientras, en el pueblo, los hechos que se producen como consecuencia de la sublevación militar darán lugar al incendio que destruyó la nave principal de la Iglesia de la Santa Cruz y las efigies que albergaba, el 24 de julio 1936, siendo también asesinado ese día en la calle de Hita un marchamalero implicado en la sublevación, ya que muchos milicianos sin control de las autoridades, junto con algunos vecinos, actuarán por su cuenta en pueblos cercanos a la capital como el nuestro. La situación será estabilizada unos meses más tarde. En Marchamalo se implantará una colectividad agrícola bajo los auspicios y el control de la UGT y el Ayuntamiento legalmente elegido en las elecciones de febrero de 1936.
Marchamalo, al estar cerca de la Estación del Ferrocarril y de la Fábrica de la Hispano y el Campo de Aviación (Aeródromo), sufrió los efectos de los bombardeos. Ya el 1 de septiembre de 1936 hubo un fuerte bombardeo que no causó victimas pero si el terror de la población al caer alguna de las bombas cerca del pueblo, en la zona del Ventorro y Marchamalillo. Por ello muchos de los marchamaleros excavaron en las laderas del paraje de San Cristóbal o el Val, hacia el monte de Usanos, unos refugios a modo de cuevas para protegerse de los bombardeos, algunos aún visibles hoy en día. Un día después, unos milicianos fusilaron y asesinaron al cura titular de la parroquia de Marchamalo en el paraje de El Sotillo. Había abandonado el pueblo unos días antes de la sublevación, refugiándose en Guadalajara.
El 6 de diciembre de 1936, 23 trimotores de la Legión Cóndor de la Alemania Nazi, aliados de los sublevados y cargados de bombas explosivas e incendiarias, bombardearon Guadalajara y la Estación provocando la muerte de 40 personas, entre ellos mujeres y niños, y varios heridos de graves que fueron atendidos en el Hospital Provincial, siendo operados y cosidos sin anestesia al estar cortado el fluido eléctrico como consecuencia del bombardeo.
Será uno de los días más aciagos de la historia de Guadalajara, pues además de las víctimas civiles arderán hasta los cimientos varios de sus edificios más emblemáticos, como el Palacio del Infantado. Como represalia al bombardeo, serán fusilados todos los presos de guerra, más de trescientos, encarcelados por su participación o adhesión al Levantamiento y los sucesos que siguieron. Todos se encontraban en la prisión central de Guadalajara, entre ellos algunos marchamaleros. Sólo uno salvó su vida, el cual estaba casado con una vecina del pueblo.
Al acabar la contienda fraticida con la victoria de las tropas franquistas, fueron detenidos en Marchamalo y enviados a prisión casi un centenar de personas, tanto hombres como mujeres, mientras que otros serían enviados a campos de trabajos forzados. De ellos, tres fallecerían en prisión y otros cinco serían fusilados y asesinados en las tapias del cementerio de Guadalajara después de juicios militares sin garantía jurídica, dentro de la conocida como Causa General, que depuraba las supuestas responsabilidades de los vencidos y, al mismo tiempo, exoneraba las que pudieran derivar de los vencedores.
Con el paso del tiempo, la tragedia de la Guerra Civil se fue superando bajo el régimen de la Dictadura de Francisco Franco que se estableció al acabar la contienda por parte de los vencedores. Como curiosidad, en Marchamalo nunca se cambió el nombre de las calles, siendo uno de los pocos pueblos de España donde la nomenclatura no se vio poblada de nombres que hacían referencia a personajes del bando franquista.
El Franquismo
Durante el periodo franquista, el nacional-catolicismo se impondrá en la sociedad española. Lo verdaderamente significativo es que la religión invade desde la esfera más privada de la vida del individuo hasta su modo de conducirse en la sociedad, desde como ha de vestir la mujer a los libros de texto que se han de estudiar, la censura en el cine y en los medios de comunicación, así como cualquier aspecto de la vida (ver los libros de fotografías de Marchamalo y en concreto la historia del cine en la localidad).
Las penurias derivadas de la postguerra afectaron en gran medida a muchas de las familias de Marchamalo. A partir de la década de 1950 se logra una ligera y progresiva mejoría en las paupérrimas condiciones de vida de la mayor parte de marchamaleros, la cual se vería incrementada en la década de los años 60, coincidiendo con la época conocida como ‘El Desarrollismo’. Durante este tiempo se construyó un nuevo grupo escolar en las Eras Blancas (1968) y, en los años 70 se logra instalar la red de aguas fecales, se canalizan los arroyos y se arregla la Plaza Mayor.
Todo el casco urbano sufrió su gran modificación en los años 70, especialmente la Plaza Mayor, en la que se incorporó la fuente actual, junto con el losado y la instalación de la red de saneamiento y la conducción de agua potable a las viviendas, que hasta entonces sólo contaban con pozos, muladares, basureros y algún servicio artesanal. Poco tiempo llegan los nuevos adelantos a los hogares en forma de electrodomésticos.
Antes del final de la Dictadura Franquista, que se produce algunos meses después del fallecimiento de Franco el 20 de noviembre de 1975, Marchamalo perderá la condición de municipio que conservaba desde 1627 por decreto gubernamental. El 8 de enero de 1973, unos días después del asesinato del Presidente del Congreso, Carrero Blanco, en un atentado terorista, y casi 350 años después de que Marchamalo se erigiera en Villa, nuestro pueblo pasó a ser un simple barrio de Guadalajara, incluido dentro de un proceso generalizado de agrupamiento de municipios determinado por el Consejo de Ministros. Antonio del Vado, último Alcalde del franquismo, no se opuso al proceso decretado desde el gobierno.