Al morir Carlos II el trono queda vacante, siendo nombrado sucesor Felipe de Anjou, sobrino del Rey de Francia. Al mismo tiempo el trono será reclamado por el Archiduque Carlos de Austria, hijo del Emperador Leopoldo I. El día 4 de diciembre del año 1700 parte del Palacio de Versalles, en Francia, el que llegará a ser Rey de España, Felipe V. Acompañado por una numerosa comitiva compuesta por más de 800 caballerías emprenderá un largo camino por Francia y España, donde sufrirá las inclemencias del invierno en tierras de Castilla.

Varias poblaciones le recibirán con fiestas y celebraciones, mientras que otras aportarán alimentos y forrajes. Una de estas villas será Marchamalo, lugar donde el futuro rey, con 17 años, llegará por el Camino Real de Aragón y Navarra procedente de Hita. Después de descansar y comer en Marchamalo se desviarán a Guadalajara, donde serán agasajados por el Duque del Infantado en su lujoso palacio. Allí se organizarán numerosos festejos en su honor, destacando una corrida con 10 toros que serán del agrado del joven monarca. El 18 de febrero, después de 80 días de viaje, llegará a Madrid.

Felipe V no tardará en volver a Marchamalo en circunstancias bien diferentes. La Villa de Marchamalo recibirá al pretendiente al trono, esta vez al frente de sus tropas aliadas contra el pretendiente al trono, el Archiduque Carlos de Austria. Marchamalo colaborará con la intendencia de las tropas felipistas en el suministro de víveres y alojamiento. Todo ello será tenido en cuenta cuando acabe la Guerra de Sucesión y sea proclamado definitivamente Rey de España, concediendo a la Ciudad de Guadalajara el establecimiento de la Real Fábrica de Paños y Tapices, y a Marchamalo el suministro del pan a los trabajadores de dichas fábricas.

A partir de 1701 se vendrán sucediendo los enfrentamientos entre ambos ejércitos en tierras de Guadalajara con duras contiendas que llevarán a la devastación y saqueo de gran parte de la comarca, dejando «la terrible huella de su paso los ejércitos de la Coalición en 1706-1710 siendo numerosos pueblos destruidos por el furor y despecho de las tropas austracistas». Así, el ejército del Archiduque asoló varios términos y pueblos de la Alcarria (Horche, Loranca, Aranzuque, El Pozo, Chiloeches…).

Marchamalo permanecía bajo el control de las tropas felipistas, que controlaban el Camino Real de Aragón y Navarra. Por su situación estratégica, sufrirá las consecuencias de la guerra. El Camino Real y los abastecimientos estuvieron en todo momento bajo dominio de las tropas de Felipe, siendo el Conde de Aguilar uno de sus Generales y un hábil estratega que ayudó a mantener su control.

El Coronel Ignacio de Lara y Ramírez de Arellano, Conde de Aguilar, estaba ligado a Marchamalo por sus antepasados, y poseía en la villa una Casa Palacio en la Plaza Mayor que sería utilizado por Felipe V como residencia y cuartel general, mientras las tropas eran alojadas en las viviendas de los marchamaleros, siendo atendidos por los vecinos tal y como estaba ordenado. Así mismo fueron reclutados algunos marchamaleros en las compañías de la comarca del campo, algo que el Rey no olvidaría cuando al terminar la guerra, cuendo Marchamalo con sus siete hornos y numerosos panaderos se convirtió en proveedor de pan para la Real Fábrica de Paños que se estableció en Guadalajara como premio a su lealtad.

En julio 1706, al frente de 2.000 jinetes el Conde de Aguilar sorprendió y capturó en Marchamalo a gran parte de bagaje, suministros y víveres de los austracistas que abandonaron Guadalajara y Alcalá de Henares. Unos días después, en el «campo de Marchamalo», Felipe envía una misiva al Principado de Asturias por el cual otorga la concesión gratuita de 30 cañones para artillar las costas. En el mismo escrito se relata cómo los días anteriores se encuentra «al frente de numeroso y lucido ejército con que marcho dentro de 4 días a Marchamalo para batir a los enemigos que ocupan Guadalajara y arrojarlos de cuanto han ocupado». Tres años más tarde, Guadalajara continuaba en un estado lamentable, de manera que cuando el 3 de mayo de 1709 el Rey transita de nuevo por Marchamalo, se excusa de pernoctar en la ciudad por los muchos enfermos de viruela y sarampión, por lo que se aloja de nuevo en la Casa Palacio de los Ramírez de Arellano.